コメントありがとうございます。番号を入力すると『その番号は既に登録されています』と、出ます。でも、モバイルコメカのバーコードはでてきません。私はカードを持っておらずモバイルコメカのみです。

なるほど、コメカはお持ちではないのですね。
モバイルコメカが新規発行できるようになった時のお知らせページです
https://www.komeda.co.jp/news/detail.html?cat=3&article=2283880

1番下の注意点、のところ読みますと
機種変更については記載がないようなのですが、登録された際のメールなどは残ってたりしますか？

コメダ珈琲のアプリから登録していてアプリ内では私の情報は移行できています。モバイルコメカだけできてないんです。機種変更してもログインできたら何もしなくても良いとなっています。また新しく作成したら二枚になってややこしいと思って作っていません。

すいません、私も担当者ではないので詳細はわからないのですが、機種変更時ではなく、（前の機種で最初に）モバイルコメカを登録した際のメールなどが残っていれば、そこにヒントがあるのかもと思いました。
コメカは合算できるみたいなので、2枚にはならないかとは思いますが、私自身やった事はないのでわかりません。